Pondok pesantren merupakan lembaga pendidikan Islam yang mengajarkan terkait perilaku atau moralitas Islam. Namun, tidak adanya pendidikan seksual yang diajarkan dalam pondok pesantren membuat santri tidak menaati aturan agama. Penelitian ini bertujuan untuk menguji secara empiris persepsi santri tentang pendidikan seksual dan dampaknya terhadap moralitas santri Ma’had Al-Jami’ah Walisongo Semarang. Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif . Pengumpulan data dilakukan dengan metode angket dengan waktu penelitian di bulan September 2023. Subjek penelitian ini adalah santriwati Ma’had Al-Jami’ah Walisongo Semarang dengan sampel sebanyak 95 orang santri dengan teknik purposive sampling. Hasil nilai koefisien determinasi sebesar 0,129 atau 12,9%. Uji signifikasi juga menunjukkan bahwa nilai F hitung = 30,143 dengan tingkatan signifikasi sebesar 0,000 < 0,05. Sehingga hipotesis kerja (Ha) diterima dan hipotesis nihil (H0) ditolak, yang berarti persepsi pendidikan seksual memiliki pengaruh terhadap moralitas santri di Ma’had Al-Jami’ah Walisongo.