Problem yang dialami waria terkait dengan masyarakat yang belum sepenuhnya dapat menerima keberadaannya, kesulitan memperoleh pekerjaan, terbatasnya akses mengenyam pendidikan, kesenjangan sosial dan kesulitan memperoleh tempat yang nyaman untuk beribadah. Disamping itu, berdirinya pondok pesantren ini diawali dari kesadaran untuk membuktikan bahwa waria tidak seperti stigma-stigma yang beredar, selain itu, waria sadar akan fitrah manusia yang membutuhkan kedekatan dengan Tuhan. Maka, diperlukan bimbingan keagamaan untuk terus menumbuhkan pengalaman ibadah agar fitrah akan kebutuhan manusia dapat terpernuhi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi pengamalan ibadah di Pondok Pesantren Waria al-Fatah Yogyakarta dan upaya bimbingan agama Islam dalam menumbuhkan pengamalan ibadah di Pondok Pesantren Waria al-Fatah Yogyakarta. Jenis penelitian ini adalah penelitian kualitatif deskriptif dengan pendekatan studi kasus. Sumber data primer dalam penelitian ini adalah ketua pondok pesantren, pembimbing agama Islam dengan kriteria informan yang sehat jasmani dan rohani dan terlibat aktif dalam kegiatan pondok pesantren, dan santri Pondok Pesantren Waria al-Fatah Yogyakarta dengan kriteria santri yang sehat baik fisik maupun psikisnya, mampu menjawab pertanyaan dengan baik, dan telah bergabung dengan pondok pesantren dalam kurun waktu 10 tahun terakhir. Teknik pengumpulan data menggunakan teknik wawancara, observasi, dan dokumentasi. Analisis dan menguji keabsahan data menggunakan reduksi data, penyajian data, dan verifikasi. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa (1) Kondisi pengamalan ibadah pada waria memiliki beberapa bentuk dari ibadah mahdhah, yaitu melaksanakan ibadah sholat dan mengaji al-Qur’an (2) Bimbingan sebagai upaya menumbuhkan pengamalan ibadah shalat dilaksanakan setiap Minggu setelah maghrib mengenai tata cara pelaksanaan wudhu dan shalat, serta motivasi beribadah yang disampaikan oleh pembimbing agama Islam dari tokoh agama dan pengasuh pondok pesantren dan ibadah mengaji al-Qur’an melalui bimbingan sorogan setiap hari Minggu sore sebelum maghrib dibagi menjadi dua yaitu kelas iqro’ dan kelas al-Qur’an, pembimbing dalam mengaji yaitu mahasiswa yang menjadi volunteer. Hasil menumbuhkan pengamalan ibadah shalat melalui bimbingan agama Islam dapat terlihat dari shalatnya bolong-bolong menjadi sering ikut shalat berjamaah, pada ibadah mengaji al-Qur’an dari yang jarang mengaji dan tidak faham tata cara membaca al-Qur’an menjadi mengerti dan memiliki kebiasaan membaca al-Qur’an.