Di Indonsia terdapat banyak macam madrasah, yang paling umum dijumpai adalah madrasah. Madrasah sendiri terdapat jenis madrasah basis pondok pesantren dan non pondok pondok pesantren. Penelitian ini bertujuan menguji tingkat kemandirian dan kecerdasan emosional siswa dikedua madrasah tersebut, dengan menggunakan metode komparasi kuantitatif dan uji independent t-test. Populasi terdiri dari 45 siswa kelas III MI Baitul Huda (non pondok pesantren) dan 25 siswa kelas III MI Takhfidzul Qur’an Al-Asror (pondok pesantren).
Hasil perhitungan menunjukkan bahwa nilai rata-rata kemandirian dan kecerdasan emosional siswa madrasah berbasis pondok pesantren adalah 36,72 dan 40,16 dengan standar deviasi masing-masing 5,079 dan 5,096. Sedangkan hasil perhitungan madrasah non pondok pesantren adalah 35,98 dan 39,33 dengan standar deviasi 5,268 dan 5,958. Uji independnt t-test menunjukkan hasl signifkansi 2-tailed untuk kemandirian dan kecerdasan emosional masing-masing sebesar 0,569 dan 0,561 yang lebih besar dari nilai t-tabel (0,05). Artinya tidak terdapat perbedaan yang signifikan antara kedua sampel. Namun, terdapat selisih yang sedikit lebih tinggi pada madrasah berbasis pondok pesantren, yaitu sekitar 0,74 dan 0,83.