Skripsi ini dilatar belakangi oleh kegiatan belajar mengajar di sekolah yang masih menggunakan pembelajaran konvensional. Sehingga kurangnya media pembelajaran yang digunakan mempengaruhi minat belajar siswa. Rendahnya minat belajar siswa menjadi alasan mengapa penelitian ini dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk membangun dan mengetahui tingkat kelayakan serta efektivitas aplikasi klasifikasi kingdom protista dengan menggunakan Augmented Reality dengan marker based tracking. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode System Development Life Cycle (SDLC) model Waterfall. Teknik pengujian aplikasi yang digunakan adalah pengujian Blackbox Testing, validasi ahli dan efektivitas dengan pretest dan posttest. Dari hasil uji blackbox menunjukan semua fungsi berhasil dijalankan. Hasil uji validasi ahli materi menunjukan bahwa aplikasi sangat layak dengan presentase 95,55 %. Kemudian efektivitas aplikasi cukup efektif dimana adanya peningkatan nilai dari pretest yaitu 62,64 dan posttest yaitu 89,91 dengan presentase peningkatan 42,25 %.