Film Mata Tertutup merupakan film yang menggambarkan bagaimana kisah para korban dari kelompok-kelompok fundamentalisme dan radikalisme (NII dan JI) dengan mengangkat tiga kisah sebagai fokus utama. Menceritakan Rima seorang mahasiswa yang tengah mencari identitasnya hingga ia terjerumus kedalam Negara Islam Indonesia (NII), Jabir seorang santri yang tertekan oleh keadaan sampai-sampai ia bergabung dengan Jamaah Islamiah (JI) lalu mengikrarkan diri sebagai pengantin bom bunuh diri, dan terakhir kisah Asimah seorang ibu yang kehilangan sang anak akibat terjerumus kedalam NII. Lewat adegan-adegan yang ditampilkan secara realistis dengan kehidupan masyarakat, tentu akan menimbulkan banyak interpretasi dari para penonton. Oleh karenanya, peneliti merumuskan masalah sebagai berikut: Apa saja penyelewengan ajaran agama Islam yang terdapat dalam film Mata Tertutup karya Garin Nugroho? Bagaimana analisis semiotika praktik penyelewengan ajaran agama Islam di dalam film Mata Tertutup karya Garin Nugroho? Apa relefansi pesan moral yang dapat diambil dalam fim Mata Tertutup karya Garin Nugroho terhadap kehidupan beragama di Indonesia ?. Untuk menjawab pertanyaan tersebut, peneliti menggunakan metodologi kualitatif dengan teori semiotika Charles Sanders Pierce sebagai alat analisis dan film Mata Tertutup sebagai objek penelitian. Penelitian ini dilakukan dengan mengumpukan data-data menggunakan teknik observasi, wawancara dan dokumentasi yang dianalisis menggunakan semiotika Charles Sanders Pierce dengan teorinya Triagle Meaning (teori segitiga) berupa sign (tanda), object (objek), dan interpretant (penggunaan tanda). Dengan menggunakan analisis semiotika Charles Sanders Pierce peneliti memeperoleh kesimpulan bahwa kelompok fundamentalisme dan radikalisme seperti NII dan JI sama-sama menggunakan penggalan ayat Al-Quran untuk doktrinisasi dan mengincar para remaja untuk menjadi anggotanya, selain itu dalam praktik ajaran agama yang dilaksanakan dalam NII dan JI terdapat beberapa penyelewengan seperti adanya pengadilan Istighfar, berinfaq sampai menghalalkan mencurian, dan penafsiran jihad yang salah.