Keterampilan penelitian pelajar Indonesia dapat dikatakan masih rendah hal ini dibuktikan dari perolehan hasil Program Penilaian Siswa Internasional (PISA) sebuah program yang menilai pelajar tingkat dunia. Indonesia berada diurutan tahun 2022 Indonesia berada di peringkat 68 dari 81 negara. Hal ini menunjukkan bahwa keterampilan ilmiah yang dimiliki pelajar Indonesia masih sangat rendah sehingga dengan adanya program madrasah riset dari Kementerian Agama dapat menjadi solusi dalam meningkatkan keterampilan riset siswa. Studi ini dimaksud untuk menjawab pertanyaan: (1) Bagaimana manajemen program madrasah riset (2) Bagaimana implikasi manajemen program madrasah riset terhadap research skill siswa. Penelitian ini adalah penelitian kualitatif dengan pendekatan studi kasus. Datanya diperoleh melalui observasi, wawancara, dan dokumentasi. Adapun uji keabsahan data yang digunakan dalam penelitian ini yaitu triangulasi sumber, teknik, dan waktu. Semua data dianalisis melalui beberapa langkah meliputi: reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa manajemen program madrasah riset di MAN 2 Kudus dan MAN 2 Wonosobo telah menunjukkan hasil yang baik dari segi perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi. Secara keseluruhan telah dilaksanakan secara sistematis, menyeluruh dan terencana. Melalui persiapan yang matang serta evaluasi terus menerus untuk meningkatkan kualitas program. Selain itu manajemen program madrasah riset memiliki implikasi terhadap kompetensi riset siswa yaitu: siswa dapat berpikir kreatif, kemampuan berpikir kritis dalam memecahkan masalah, berkomunikasi dengan baik dan kemampuan bekerjasama dengan orang lain. Selain itu siswa juga mempunyai keahlian dapat membuat karya tulis ilmiah.