Kuskus merupakan mamalia marsupial dari famili Phalangeridae yang populasinya menurun akibat hilangnya habitat dan pemburuan liar. Untuk menjaga keberlanjutannya, penting diketahui karakter genetik dan variasi genetik antar spesies maupun antar genus di dalam famili Phalangeridae. Informasi lebih lanjut tentang keragaman genus Phalanger dibutuhkan untuk mendukung pembuatan kebijakan, pengelolaan, dan strategi pelestarian kuskus di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik yang dapat terjadi pada Phalanger di Indonesia dan mengetahui hubungan kekerabatan genus Phalanger di Indonesia sebagai upaya konservasi. DNA diekstraksi dari 21 individu yang berasal dari koleksi Museum Zoologicum Bogoriense (MZB), dan diperoleh dari habitat berbeda yaitu Sulawesi (7 individu), Papua (3 individu), Maluku (10 individu), P. Timor (1 individu) sesuai dengan protokol Dneasy Blood and Tissue Kit (Qiagen) karakter genetik menggunakan penanda atau marker gen Cytochrome b Mitokondrial DNA (mtDNA). Tahapan dalam penelitian yaitu ekstraksi DNA, amplifikasi DNA menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction), elektroforesis, sekuensing, kemudian analisis dengan MEGA 6.0 dengan beberapa parameter yang diamati yaitu jarak genetik (d), keragaman nukleotida (π), pohon filogeni berdasarkan Maximum Likelihood dengan sensifitas Boostrap sebanyak 5000 kali ulangan. Hasil analisis gen Cyt-b diperoleh rata-rata jarak genetik antar spesies kuskus berdasarkan sampel uji Phalangeridae adalah 0,233 (23,3%), dan 272 variasi situs nukleotida. Penelitian hanya berdasarkan satu gen dengan panjang sekuen pendek yaitu 417 bp untuk 16 sampel.