Perkembangan abad 21 menuntut banyak hal, salah satunya yakni dapat memecahkan masalah. Hal tersebut dapat ditanamkan melalui jalur pendidikan. Pembelajaran dengan media yang sesuai untuk mendukung kemampuan memecahkan masalah dapat dijadikan sebagai solusi untuk melatih kemampuan peserta didik. Berdasarkan hasil observasi, anak kelas 11 MA AL-Khoiriyyah masih kurang memiliki kemampuan memecahkan masalah yang dapat ditinjau dari analisis kebutuhan. Pernyataan tersebut didukung dengan hasil wawancara kepada guru biologi. Oleh karena itu peneliti memberikan solusi dengan mengembangkan website media permbelajaran berbasis PBL (Problem Based Learning) terintegrasi nilai islam yang diharapkan dapat melatih kemampuan memecahkan masalah peserta didik. Penelitian ini menggunakan model pengembangan 4D yang terdiri dari tahap pendefinisian(define), tahap perancangan (desaign), tahap pengembangan (develop) dan tahap penyebaran (disseminate). Model ini dikembangkan oleh Thiagarajan, Semmel, dan Semmel (1974). Pada penelitian ini tidak melakukan tahap penyebaran atau disseminate karena banyaknya kendala. Website media pembelajaran ini dikembangkan dengan memuat PBL dalam websitenya, sehingga dapat mengarahkan peserta didik untuk menyelesaikan suatu permasalahan. Uji validasi dilakukan oleh ahli media, ahli materi ahli integrasi nilai islam, serta guru biologi. Hasil analisis validasi ahli media 64%, ahli materi 83%, ahli integrasi nilai islam 86%, guru biologi 92% dan tanggapan dari peserta didik kelas 11 yang berjumlah 11 responden diperoleh rata-rata 85%. Sehingga media pembelajaran ini sangat layak dengan hasil presentase rata-rata 82%.