Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif dengan tujuan menganalisis hubungan keterampilan metakognitif dengan literasi sains siswa. Penelitian ini dilaksanakan di MA Al-Islam Joresan Ponorogo. Sampel penelitian ini siswa kelas XI IPA tahun Pelajaran 2023/2024 berjumlah 56 siswa. Data keterampilan metakognitif diperoleh dengan angket dan data literasi sains diperoleh dengan lembar observasi. Data dianalisis dengan Teknik analisis kuantitatif menggunakan uji korelasi bivariat. Hasil penelitian menunjukkan keterampilan metakognitif siswa termasuk dalam kriteria sedang-tinggi dengan persentase 71,3%. Sedangkan literasi sains termasuk dalam kriteria rendah-sedans dengan persentase 50,1%. Terdapat hubungan keterampilan metakognitif dengan literasi sains yang sangat lemah. Hal tersebut dibuktikan dengan nilai 0,049<0,259. Berdasarkan perhitungan korelasi bivariat, hubungan antara keterampilan metakognitif dengan literasi sains siswa kelas XI IPA MA Al-Islam sangat lemah. Hal ini disebabkan karena siswa belum terbiasa dengan soal literasi sains sedangkan keterampilan metakogntifnya dikategori tinggi.