Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK) abad 21 menuntut siswa untuk memiliki berbagai keterampilan salah satunya keterampilan literasi sains, selain itu self-confidence memiliki peran penting dalam menunjang proses pembelajaran yang aktif untuk mengaktualisasikan potensi yang dimiliki siswa dengan maksimal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh penerapan model problem based learning-flipped classroom terhadap keterampilan literasi sains dan self-confidence siswa dalam pembelajaran Biologi. Jenis penelitian yang diterapkan yaitu kuantitatif dengan pendekatan kuasi eksperimen. Desain penelitian yang digunakan yaitu non-equivalent pretest posttest control group design. Sampel yang digunakan berjumlah 70 orang siswa. Teknik sampling yang digunakan yaitu purposive sampling dengan sampel siswa kelas XI MIPA 6 sebagai kelas kontrol dan siswa kelas XI MIPA 8 sebagai kelas eksperimen. Uji hipotesis dilakukan menggunakan uji Anacova. Berdasarkan hasil penelitian, menunjukkan bahwa terdapat perbedaan signifikan keterampilan literasi sains dan self-confidence siswa pada penerapan model problem based learning-flipped classroom dilihat dari nilai signifikansi yaitu sebesar 0.000. Nilai signifikansi 0.000 < 0.05 dengan demikian Ha diterima, sehingga model problem based learning-flipped classroom berpengaruh terhadap keterampilan literasi sains dan self-confidence siswa