Pembelajaran pada abad ke-21 menciptakan perubahan nyata dalam dunia pendidikan yang berfokus pada proses pembelajaran. Keterampilan yang wajib dimiliki siswa pada abad ke-21 salah satunya yaitu kemampuan berpikir kreatif dan keterampilan kolaboratif. Model pembelajaran yang dapat mengembangkan kemampuan berpikir kreatif dan keterampilan kolaboratif yaitu model Project Based Learning berbasis media 3D. Tujuan dari penelitian ini yaitu menganalisis pengaruh model Project Based Learning berbasis media 3D terhadap kemampuan berpikir kreatif dan keterampilan kolaboratif pada pembelajaran biologi. Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini yaitu kuasi eksperimen dengan desain Nonequivalent Control Group Design. Teknik sampling yang digunakan adalah Random Sampling dengan sampel kelas XI.1 sebagai kelas eksperimen dan kelas XI.3 sebagai kelas kontrol. Teknik pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian ini adalah wawancara, observasi, dokumentasi, dan lembar pretest-posttest soal kemampuan berpikir kreatif dan angket keterampilan kolaboratif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat pengaruh model Project Based Learning berbasis media 3D terhadap kemampuan berpikir kreatif dan keterampilan kolaboratif pada pembelajaran biologi, hal ini dilihat dari analisis uji One Way Anacova kemampuan berpikir kreatif dan keterampilan kolaboratif dengan nilai signifikansi sebesar 0,000 < 0,05.