Pembelajaran Biologi menekankan keterlibatan siswa secara langsung melalui pengalaman belajar. Kurangnya keterlibatan siswa dalam pembelajaran biologi dapat mengakibatkan kurang terlatihnya keterampilan. Keterampilan yang dapat digunakan untuk menemukan konsep, fakta atau prinsip diperlukan suatu keterampilan proses. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keterampilan proses sains siswa dengan menggunakan model pembelajaran berbasis proyek materi biologi dan menganalisis perbandingan keterampilan proses sains siswa melalui pembelajaran berbasis proyek di SMA yang berbeda. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif kuantitatif dengan teknik purposive sampling. Populasi dan sampel yang digunakan dalam penelitian ini yaitu di SMA Negeri 1 Pegandon, SMA Negeri 1 Kendal, dan SMA Negeri 11 Semarang yang menerapkan model pembelajaran berbasis proyek di salah satu kelas X pada masing-masing sekolah. Berdasarkan hasil penelitian dari ketiga sekolah yang memiliki nilai keterampilan proses sains dengan kategori baik dengan rata-rata 76%. SMA Negeri 11 Semarang memiliki nilai rata-rata Sebesar 80% dengan kategori baik, SMA Negeri 1 Pegandon memiliki nilai rata-rata 75% dengan kategori baik, SMA Negeri 1 Kendal memiliki nilai rata-rata 73% dengan kategori baik. Hasil uji ANOVA ketiga sekolah tersebut memiliki perbedaan, maka dapat disimpulkan H0 ditolak dan H1 diterima yang artinya memiliki perbedaan keterampilan proses sains antar sekolah.