Dalam Al Quran banyak sekali ilmu pengetahuan yang di sampaikan melalui ayat-ayat kauniyah, salah satunya yaitu mikroorganisme. Mikroorganisme dalam Al Quran di sebut dengan istilah zarrah atau dabbah. Mikroorganisme seringkali dianggap remeh dan tidak berguna bahkan mereka di anggap sebagai penyebab berbagai penyakit yang mematikan seperti malaria, flu burung, virus corona dan sebagainya. Secara lebih khusus penelitian ini membahas. Bagaimana Metodologi tafsir ilmi Kemenag dalam menafsirkan ayat-ayat Mikroorganisme?, Bagaimana penafsiran ayat-ayat mikroorganisme? Penelitian ini bersifat studi pustaka. Metode yang digunakan metode deskriptif analisis yaitu mengumpulkan ayat-ayat dari tafsir ilmi Kemenag RI kemudian menganalisinya untuk mengetahui pandangan Al Quran terhadap persoalan yang ada.
Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa. Pertama, Tafsir Ilmi Kemenag menggunakan sumber penafsiran bil’ ra’yu dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, corak yang digunakan adalah corak ilmi dan metode yang digunakan adalah metode maudhui atau tematik. Kedua, dalam bahasa arab kata mikroorganisme biasa di sebut dengan kata zarrah atau dabbah.¬ Kata zarrah mempunyai arti sesuatu benda yang sangat kecil sedangkan kata dabbah diartikan dengan makhluk yag kecil yang tidak bisa dilihat dengan mata telanjang. Rata-rata mikroorganisme mempunyai ukuran 0,2-0,5 mikro. Mikroorganisme mempunyai pernan dan fungsi penting dalam kehidupan.