Dalam mengembangkan usaha BMT dengan cara menghimpun dana dalam bentuk simpanan dan menyalurkan kembali dalam bentuk pembiayaan. Dalam melakukan pembiayaan terdapat suatu pembiayaan bermasalah. Pembiayaan bermasalah adalah peminjaman yang tertunda atau ketidakmampuan peminjam untuk membayar kewajiban yang telah dibebankan. Pembiayaan di BMT Harapan Ummat Kudus juga mengalami masalah walaupun telah dilakukan analisa secara seksama diantaranya prosedur pengajuan pembiayaan, apa faktor-faktor penyebab terjadinya pembiayaan bermasalah dalam akad Mudharabah, dan bagaimana cara penanganan pembiayaan bermasalah dalam akad Mudharabah.
Dalam penelitian ini penulis menggunakan jenis penelitian lapangan (field research), yaitu penelitian langsung yang dilakukan secara langsung ditempat kejadian, sumber data yang digunakan adalah data primer dan data sekunder, dan metode dalam pengumpulan data adalah metode observasi, wawancara dan dokumentasi. Metode analisis data yang digunakan oleh penulis adalah metode deskriptif analisis, dengan cara mendeskripsikan hasil dari penelitian.
Adapun hasil dari penulisan tersebut adalah bahwa prosedur pengajuan pembiayaan yaitu harus sudah menjadi anggota, membuka simpanan sirkah sebesar Rp. 30.000,- bagi anggota yang mengajukan dengan persyaratan memakai agunan, bagi anggota yang mengajukan tanpa memakai agunan maka simpanan sirkah sebesar Rp. 100.000,-, mengisi form pengajuan pembiayaan dan melengkapi persyaratan, bersedia di survey, menyerahkan seluruh berkas-berkas kepada pelayanan/kasir. Faktor penyebab terjadinya pembiayaan bermasalah ada dua faktor, yaitu faktor internal biasanya marketing lupa nagih dan mengingatkan, adanya pergantian marketing, penyaluran yang kurang jelas untuk apa pembiayaan tersebut. Dan faktor eksternal paling banyak karena pasar kebakaran sehingga usaha anggota mengalami kerugian, usaha anggota sepi sehingga mengakibatkan keadaan ekonomi anggota menurun, banyaknya pengeluaran anggota untuk keperluan pribadi. Penanganan dalam pembiayaan bermasalah ini dengan cara silaturahmi untuk komunikasi pembayaran, selanjutnya dengan surat penagihan,kemudian menghilangkan marginnya dan memperpanjang jangka waktunya, restrukturisasi, dan eksekusi jaminan.