Islam mengakui hak hidup agama-agama lain, dan membenarkan para pemeluk agama lain tersebut untuk menjalankan ajaran agama masing-masing. Di sini, terdapat dasar ajaran Islam mengenai toleransi beragama. Toleransi tidak diartikan sebagai sikap masa bodoh terhadap agamanya, atau bahkan tidak perlu mendakwahkan ajaran kebenaran yang diyakininya itu. Oleh karena itu, setiap orang yang beriman senantiasa terpanggil untuk menyampaikan kebenaran yang diketahui dan diyakininya, tetapi harus berpegang teguh pada etika dan tata krama sosial, serta tetap menghargai hak-hak individu untuk menentukan pilihan hidupnya masing-masing secara sukarela. Permasalahannya yaitu bagaimana pendapat Nurcholish Madjid tentang toleransi beragama? Bagaimana relevansi pendapat Nurcholish Madjid tentang toleransi beragama bagi kehidupan keagamaan di Indonesia? Adapun teknik pengumpulan data menggunakan studi kepustakaan. Jenis data skripsi ini menggunakan jenis penelitian kepustakaan (library research). Data primernya yaitu beberapa karya tulis Nurchlolish Madjid, di antaranya: (1) Dialog Keterbukaan Artikulasi Nilai Islam dalam Wacana Sosial Politik Kontemporer; (2) Islam Agama Kemanusiaan Membangun Tradisi dan visi Baru Islam Indonesia; (3) Islam, Doktrin dan Peradaban: Sebuah Telaah Kritis Tentang Masalah Keimanan, Kemanusiaan dan Kemodernan. Data sekunder yaitu data sejumlah kepustakaan yang ada relevansinya dengan judul di atas. Sebagai analisis data, peneliti menggunakan pendekatan deskriptif analisis yakni menggambarkan dan menganalisis pendapat Nurcholish Madjid dalam konteks ilmu perbandingan agama.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa pendapat Nurcholish Madjid patut didukung karena pemikiran dan analisisnya itu sesuai dengan ajaran Islam yang sangat menghormati keberadaan agama lain. Sebenarnya Islam merupakan pelopor toleransi, dan Islam sangat mencela sikap fanatisme dalam arti yang negatif yaitu membabi buta dan mengklaim kebenaran sebagai otoritas sendiri. Apabila konsep toleransi yang digulirkan Nurcholish Madjid dihubungkan dengan kehidupan keagamaan di Indonesia, maka jika pendapatnya di apresiasi dan mendapat tempat serta penerimaan maka kedamaian dalam beragama bisa terwujud, setidaknya konflik horisontal yang bernuansa agama dapat diperkecil. Masalah ini bila melihat kondisi kehidupan umat antar agama di Indonesia maka dapat dijadikan sebuah pelajaran, khususnya terhadap beberapa peristiwa yang telah terjadi. Dengan kata lain, apabila toleransi beragama menurut Nurcholish Madjid dihubungkan dengan Kehidupan Keagamaan di Indonesia, maka pendapat Nurcholish Madjid dapat sedikitnya meredam konflik antar agama, sehingga kehidupan agama dapat hidup secara damai dan berdampingan.