Manajemen kesiswaan termasuk salah satu substansi manajemen pendidikan. Karena banyak sekali persoalan yang berhubungan dengan siswa yang perlu dibenahi. Karena masa-masa remaja ini sangat rentan terhadap godaan-godaan yang melencengkan dari sifat kemanusiaan itu sendiri. Manajemen kesiswaan menduduki posisi strategis, karena sentral layanan pendidikan, baik dalam latar institusi persekolahan maupun yang berada di luar latar institusi persekolahan, tertuju kepada peserta didik. Semua kegiatan pendidikan, baik yang berkenaan dengan manajemen akademik, layanan pendukung akademik, sumber daya manusia, sumber daya keuangan, sarana prasarana dan hubungan sekolah dengan masyarakat, senantiasa diupayakan agar peserta didik mendapatkan layanan pendidikan yang andal.
Penelitian ini bertujuan untuk (1) mengetehui bagaimana peleksanaan sistem manajemen kesiswaan di MTs Samailul Huda Mlaten Mijen Demak (2) mengetahui bagaimana hambatan yang terjadi dalam pelaksanaan manajemen kesiswaan di MTs Samailul Huda Mlaten Mijen Demak tersebut.
Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan subjek penelitiannya adalah penerapan manajemen di MTs Samailul Huda Mlaten Mijen Demak. Penelitian ini dilakukan di MTs Samailul Huda Mlaten Mijen Demak. Teknik pengunpulan data dilakukan dengan metode observasi, wawancara dan dokumentasi.
Selanjutnya setelah dilakukan penelitian diperoleh hasil bahwa penerapan manajemen kesiswaan dalam pelaksanaanya di MTs Samailul Huda Mlaten Mijen Demak ini meliputi: Pertama Perencanaan Siswa; madrasah masih tidak mempertimbangkan kualitas dan kuantitas siswa yang akan ditampaung. Madrasah tidak memiliki rencana yang jelas tentang siswa yang mendaftar. Kedua, Penerimaan Siswa Baru; madrasah hanya menggunakan system promosi, tidak mengkombinasikan system promosi dengan system seleksi yang lebih mengutamakan mutu in put siswa. Ketiga Pendataan Kemajuan Siswa; SDM dari pelaksana manajemen kesiswaan, khususnya dari tenaga administrasi menjadikan pendataan siswa masih tumpang tindih, kurang adanya koordinasi yang jelas antar lembaga kesiswaan juga menjadi persoalan yang masih perlu dibenahi. Keempat Pengaturan Tingkat, Mutasi dan Drop Out; Madrasah kurang kurang berani dalam menghambat mutasi siswanya, dan terlalu mudah memberikan ijin. Kelima Pengaturan Organisasi Siswa; Organisasi siswa masih kurang mandiri, siswa madrasah masih belum mampu mengelola dan membuat program kerja sendiri. Keenam, Bimbingan dan Pembinaan Siswa; Siswa kurang memahami guru bimbingan ini adalah mitra dalam menyelesaikan masalah. Siswa masih takut terhadap guru pembimbing dalam mengungkapkan permasalahan yang dialami.