Bayam merah (Amaranthus cruentus L.) mengandung senyawa bioaktif seperti flavonoid dan antosianin. Magnesium (Mg) berperan penting dalam fotosintesis dan sintesis metabolit sekunder. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh variasi dosis magnesium terhadap pertumbuhan dan kandungan metabolit sekunder tanaman bayam merah pada sistem hidroponik. Penelitian dilaksanakan di Greenhouse Kampus II UIN Walisongo Semarang selama 35 hari dengan menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) yang terdiri atas lima perlakuan dosis magnesium pada larutan nutrisi Hoagland yang dimodifikasi: M1 (0%), M2 (50%), M3 (100%), M4 (150%), dan M5 (200%) dengan empat ulangan. Parameter yang diamati meliputi tinggi tanaman, jumlah daun, panjang akar, berat basah, berat kering, kadar flavonoid, dan kadar antosianin. Hasil analisis ANOVA pada taraf signifikansi 5% menunjukkan bahwa perlakuan magnesium memberikan perbedaan yang nyata terhadap parameter pertumbuhan tanaman dan kadar antosianin, namun tidak menunjukkan perbedaan yang signifikan terhadap kadar flavonoid. Perlakuan M4 (150% Mg) memberikan hasil terbaik pada parameter tinggi tanaman (29,43 cm), jumlah daun (14,91 helai), dan berat kering (1,36 g), sedangkan perlakuan M5 (200% Mg) memberikan hasil terbaik pada parameter panjang akar (22,83 cm), dan berat basah (13,80 g). Dosis magnesium sebesar 50% (M2) terbukti paling efektif dalam meningkatkan kadar antosianin, dengan hasil kadar antosianin tertinggi sebesar 0,57 mg/L. Sementara itu, kadar flavonoid antarperlakuan tidak menunjukkan perbedaan yang nyata.