Pendidikan Agama Islam dalam kelas inklusi memiliki keunikan dibandingkan dengan pendidikan yang sama di kelas regular. Di kelas inklusi Anak Berkebutuhan Khusus (ABK) belajar bersama-sama dengan anak normal serta menggunakan kurikulum yang sama yang digunakan di sekolah tersebut. Di satu sisi, anak normal dan ABK memiliki metode yang berbeda dalam proses pembelajaran Pendidikan Agama Islam. Dalam hal ini seorang guru memegang peran penting untuk menerapkan sebuah setrategi yang mampu mengakomodir agar anak normal dan ABK dapat bersama-sama menerima dan menyerap pelajaran Pendidikan Agama Islam di kelas.
Permasalahan penelitian ini adalah; ketika dalam sebuah kelas terdapat anak normal dan ABK yang masing-masing mempunyai metode yang berbeda dalam proses pembelajaran, serta mempunyai perbedaan kemampuan baik fisik maupun kecerdasannya, tetapi menggunakan kurikulum yang sama, bagaimanakah seorang guru mengajarkan Pendidikan Agama Islam yang bisa diterima secara bersama oleh peserta didik?
Penelitian ini dilakukan di SMAN 1 Mojotengah Wonosobo. Jenis penelitian ini adalah deskriptif evaluasi. Teknik pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan metode dokumentasi, observasi partisipatif, dan wawancara mendalam.

Setelah dilakukan penelitian, diperoleh hasil bahwa Pendidikan Agama Islam dalam kelas inklusi menggunakan modifikasi gabungan pembelajaran untuk anak normal dan pembelajaran untuk ABK (anak slow learner dan tunarungu). Materi PAI dalam kelas inklusi ternyata sama dengan materi PAI yang ditetapkan oleh DEPDIKNAS, yang terdiri dari al-Qur’an dan hadits, aqidah, akhlak, fiqih, tarikh dan kebudayaan islam. Di dalam metode pembelajaran, kelas inklusi menggunakan modifikasi gabungan metode pembelajaran untuk PAI (ceramah, tanya jawab, diskusi, dan pemberian tugas) dan metode khusus untuk ABK (anak slow learner dan tunarungu). Sedangkan media pembelajaran yang digunakan terdiri dari media untuk anak normal (LKS, buku paket PAI, al-Qur’an, dan juz ‘amma) dan media khusus untuk ABK (hearing aids untuk anak tunarungu, anak slow learner tidak menggunakan media khusus karena tingkat kecacatannya masih ringan). Untuk evaluasi, anak normal dan ABK menggunakan bentuk evaluasi yang sama, yaitu tes tertulis dan tidak tertulis (lisan dan praktek). Hanya saja, ada bentuk evaluasi alternatif khusus bagi ABK, yaitu penggantian seluruh tes lisan menjadi tes tertulis untuk anak tunarungu dan program remedial untuk anak slow learner.