Proses dialog antara ilmu keislaman dengan sains merupakan sebuah keharusan. Beberapa dekade yang lalu, proses dialog tersebut memunculkan wacana Islamisasi ilmu pengetahuan yang digagas oleh Naquib al-Attas, Ziauddin Sardar, Ismail Raji al-Faruqi. Dengan bahasa yang berbeda, Ian Barbour juga mengusung tema semacam itu. Ia mencoba memetakan hubungan sains dan agama. Menurutnya, antara sains dan agama terdapat empat varian hubungan; konflik, indepedensi, dialog, dan integrasi. Implementasi dari epistemologi di atas, muncul wacana keislaman yang digagas oleh ilmuwan Indonesia. Epistemologi tersebut oleh mereka dijadikan pijakan (paradigma) guna membangun bangunan keilmuan UIN sebagai representasi akademisi yang concern di bidang keislaman kontemporer. Tokoh-tokoh tersebut, antara lain Amin Abdullah, Azyumardi Azra, dan Imam Suprayogo.
Para filosof muslim klasik, seperti Ibn Sina, al-Farabi, dan al-Ghazali, membuktikan bahwa bangunan keilmuan yang didasarkan pada theologi mampu membentuk cabang-cabang keilmuan yang mencakup antroposentris sekaligus teosentris. Ibn Sina, adalah sosok filosof muslim yang berhasil membangun epistemologi integralistik, di mana perkembangan keilmuan didasarkan pada theologi-metafisika. Ia mampu “menghadirkan” Tuhan dalam ranah keilmuan, science maupun humaniora. Konsep metafisika yang melatarbelakangi seluruh ilmu terutama dalam masalah logika (kefilsafatan) dan medis (science) terdapat dalam kitab asy-Syifa’ juz I. Dalam kitab tersebut, Ibn Sina membuat sintesis final tentang Islam dengan filsafat Aristotelianisme dan neoplatonisme, menjadi sebuah dimensi intelektual yang permanen dalam dunia Islam dan bertahan sebagai ajaran filsafat yang hidup sampai hari ini.

Penelitian ini berusaha menjawab dua pertanyaan mendasar. Pertama, Bagaimana struktur epistemologi keilmuan Ibn Sina antara metafisika (teologi), kefilsafatan (logika) dan science.Kedua, Bagaimana relevansi konsep tersebut dengan unity of science IAIN Walisongo Semarang?
Dengan menggunakan analisa konten dan hermeneutika, penelitian ini mengungkapkan gambaran tentang Unity of Science Ibnu Sina. Integrasi antara metafisika, logika dan fisika (science) ini terlihat misalnya dalam pemikiran Ibnu Sina tentang fisika. Ia memberi definisi fisika sebagai benda-benda, sejauh mereka mudah dipengaruhi oleh perubahan. Di sini, sekalipun keberadaan materi pokoknya dipostulaskan oleh fisika, tetapi demonstrasi tentang prinsip-prinsip sandarannya diserahkan kepada sebuah ilmu yang lebih tinggi, yaitu metafisika, di atas itulah prinsip-prinsip itu diterima sebagai aksiomatik. Maka, di tangan seorang Ibnu Sina, ilmu agama dan sains menyatu padu secara integral. Di sini, tidak ada dikotomi keilmuan. Karena, dikotomi ilmu agama dan umum ternyata mempunyai implikasi serius, antara lain semakin suburnya hidup sekuler yang menempatkan agama hanya sebagai urusan pribadi. Keilmuan Ibnu sina berbasis pada al-Qur’an dan sunah dan memiliki spirit tauhid. Keilmuan model ini akan menghasilkan ilmuwan yang agamis dan agamawan yang saintis, tentu ini sangat relevan dengan program IAIN menuju paradigma unity of sciences UIN Walisongo .