Sejarah telah mencatat bagaimana Pengadilan Agama mengalami pasang surut dalam perjalanannya. Dengan keluarnya Undang-undang No.14 Tahun 1970 tentang ketentuan-ketentuan pokok kekuasaan kehakiman, pembinanaan Pengadilan Agama secara organisasi, administrasi dan finansial di bawah naungan Departemen Agama. Kemudian keluar Undang-undang No. 35 tahun 1999 jo Undang-undang No. 4 Tahun 2004 tentang Ketentuan-ketentuan Pokok Kekuasaan Kehakiman atau lebih dikenal dengan undang-undang peradilan satu atap. Peradilan Agama tergabung dalam empat lingkungan peradilan di bawah satu atap MA RI (one roof). Peradilan Agama mengalami kemajuan yang signifikan sesudah bernaung di bawah Mahkamah Agung. Untuk mengetahui apakah teori dengan praktek dilapangan telah sesuai, penulis mengadakan penelitian di Pengadilan Agama Jepara. Dari latar belakang di atas maka dapat dirumuskan 2 pokok permasalahan, yaitu: 1). Bagaimanakah kedudukan Pengadilan Agama Jepara sebelum dan sesudah satu atap dengan Mahkamah Agung. 2) Bagaimanakah pengelolaan Pengadilan Agama Jepara secara organisasi, administrasi, dan finansial sebelum dan sesudah satu atap dengan Mahkamah Agung?.
Bertolak dari 2 pokok masalah di atas maka jenis penelitian ini adalah penelitian lapangan (Field Recesarch) dengan metode analisis deksriptif eksploratif dan komparatif.
Setelah penulis mengadakan penelitian di Pengadilan Agama Jepara, penulis menyimpulkan bahwa: setelah berada di bawah naungan Mahkamah Agung, Pengadilan Agama Jepara banyak mengalami kemajuan, baik mengenai kewenangan/kedudukan PA yang semakin kuat dan sederjat dengan Pengadilan lain (PN, PM dan PTUN). Selain itu, pengelolaan bidang organisasi, administrasi dan finansial juga mengalami peningkatan. Misalnya, dari segi organisasi dapat terlihat dari SDM yang mengisi posisi-posisi jabatan yang ada, badan yang menaungi PA adalah badan yang berkompeten (Ditjen Badilag), dan pengangangkatan pegawai PA langsung dari MA. Dari segi administrasi, nampak dari instrumen-instrumen PA yang semula mengacu pada ketentuan Depag telah beralih pada ketentuan yang dibuat oleh Mahkamah Agung, baik logo seragam pegawai dan kop surat Pengadilan Agama Jepara sesuai dengan ketentuan Mahkamah Agung, dan urusan administrasi menjadi lebih efektif dan efisien. Dan yang paling menonjol dari segi finansial, nampak dari sarana dan prasarana yang dimiliki oleh Pengadilan Agama tidak jauh berbeda dengan yang dimiliki oleh Pengadilan Negeri, mulai dari bangunan fisiknya, logo, seragam pegawai hingga kesejahteraan pegawainya (tunjangan dan inventarisasi mobil) sama dengan Pengadilan lain. Dengan satu atap, upaya meningkatkan anggaran dan berbagai fasilitas menjadi lebih mudah.