Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui: (1) Persepsi siswa mengenai kompetensi guru dalam menanamkan nilai-nilai keislaman pada mata pelajaran biologi di kelas X IPA MA Miftahul Huda Tayu Pati. (2) Motivasi belajar siswa pada mata pelajaran biologi di kelas X IPA MA Miftahul Huda Tayu Pati. (3) Kompetensi guru dalam menanamkan nilai-nilai keislaman dapat meningkatkan motivasi belajar siswa pada mata pelajaran biologi di kelas X IPA MA Miftahul Huda Tayu Pati.
Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan menggunakan pendekatan deskriptif. Pengumpulan data dilakukan dengan mengadakan observasi, wawancara, angket dan dokumentasi. Teknik pemeriksaan keabsahan data dengan mengadakan triangulasi.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa: (1) Persepsi siswa mengenai kompetensi guru dalam menanamkan nilai-nilai keislaman pada mata pelajaran biologi sudah baik. Kompetensi guru dalam menanamkan nilai-nilai keislaman antara lain: membiasakan dalam mengucapkan salam dan berdo’a ketika memulai dan mengakhiri pelajaran, mengintegrasikan ayat-ayat Al-Qur’an dengan materi biologi, menghubungkan pelajaran biologi dengan hakikat penciptaan makhluk Allah SWT, memberikan suri teladan kepada siswa untuk berakhlak/berperilaku yang terpuji seperti berpenampilan sesuai syariat Islam, disiplin, jujur, menjalin kerjasama yang baik, menjauhkan diri dari hal-hal yang dilarang agama seperti minum-minuman keras, narkoba, dan seks bebas. (2) Motivasi belajar siswa kelas X IPA MA Miftahul Huda Tayu Pati sangat tinggi. Siswa mendapatkan dorongan belajar dari guru (motivasi ekstrinsik). Dan siswa juga belajar disertai dengan minat dan perasaan senang dalam dirinya (motivasi intrinsik), sehingga tumbuh semangat, keseriusan dan ketekunan dalam mempelajari ilmu biologi. (3) Kompetensi guru dalam menanamkan nilai-nilai keislaman pada mata pelajaran biologi dapat meningkatkan motivasi belajar siswa, ditandai dengan rasa senang dan antusias siswa ketika mengikuti pembelajaran biologi, sikap hormat siswa terhadap guru biologi, siswa mau mengikuti nasihat-nasihat yang disampaikan guru biologi dan nilai hasil belajar siswa menjadi lebih baik/ meningkat.