Pendidikan kebangsaan merupakan hal penting, tanpa itu Indonesia rawan akan konflik, seperti terlepasnya Timor-Timor, kasus di Sampit, Ambon, Aceh, NII, Papua, dan lainnya. H.O.S. Cokroaminoto dengan konsep pendidikan kebangsaannya membentuk anak didik agar bersifat nasionalis.
Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif yang datanya didapat dengan melakukan penelitian pustaka (library research) diarahkan dalam memahami pesan-pesan yang ada dalam suatu teks. Penelitian ini termasuk penelitian biografi, karena berusaha menyimpulkan, menganalisis dan membuat interpretasi mengenai pemikiran tokoh.
Permasalahan yang diangkat dalam penelitian ini adalah bagaimana pemikiran H.O.S. Cokroaminoto tentang pendidikan kebangsaan; dan bagaimana implementasi pendidikan kebangsaan menurut H.O.S. Cokroaminoto di Universitas Cokroaminoto Yogyakarta.
Temuan hasil penelitian tentang pemikiran H.O.S. Cokroaminoto melalui pendidikan kebangsaan meliputi Pertama, pendidikan harus berdasarkan pada sumber Islam yakni al-Qur’an dan al-Hadits. Kedua, tujuan pendidikan kebangsaan yang ingin dicapai menurut H.O.S. Cokroaminoto adalah untuk menjadikan anak didik sebagai seorang muslim yang sejati dan sekaligus menjadi seorang nasionalis yang berjiwa besar penuh kepercayaan kepada diri sendiri. Ketiga, prinsip pendidikan kebangsaan yang dikehendaki oleh H.O.S. Cokroaminoto adalah cinta tanah air yaitu sekuat tenaga mengadakan pendidikan untuk menanamkan perasaan kebangsaan; memiliki keberanian yaitu selalu menanamkan rasa keberanian terutama jihad (bekerja keras mempropagandakan dan melindungi Islam) karena hal itu termasuk bagian dari iman; dan menanamkan sifat kemandirian, maksudnya setiap orang harus berusaha dengan sungguh-sungguh dan pantang memakan hasil pekerjaan orang lain dan mampu mandiri tidak menggantungkan kepada orang lain.
Pemikiran tersebut diimplementasikan di Universitas Cokroaminoto Yogyakarta dalam tiga aspek yaitu dasar, tujuan dan prinsip. Adapun dasar dan tujuan pendidikan kebangsaan dituangkan dalam bentuk visi misi Universitas. Sedangkan prinsip pendidikan kebangsaan diaplikasikan melalui tiga hal pertama, cinta tanah air diwujudkan dalam bentuk visi misi Universitas dan dimasukkan pada kurikulum pengajaran yang terjadwal sebagai mata kuliah ke Syarekat Islaman; kedua, pendidikan keberanian dan bela negara dengan didirikannya Resimen Mahasiswa Mahakarta Satuan Cakra Yudha Universitas Cokroaminoto Yogyakarta yang bertujuan untuk membentuk mahasiswa mewujudkan hak dan kewajiban sebagai warga negara dalam usaha ikut serta membela negara. Ketiga, menanamkan kemandirian melalui persatuan dan kesatuan, antara lain dengan memberikan kesempatan kepada mahasiswa yang beragama lain untuk belajar di Universitas Cokroaminoto Yogyakarta.