Toleransi adalah suatu sikap atau tingkah laku dari seseorang untuk membiarkan kebebasan kepada orang lain dan memberikan kebenaran atas perbedaan tersebut sebagai pengakuan hak-hak asasi manusia. Tuntutan agama sebagai agen perdamaian menjadi tantangan tersendiri bagi pondok pesantren. Toleransi yang tercipta di pesantren Soko Tunggal merupakan suatu bentuk menuju terjalinya kerukunan dalam hidup bermasyarakat dengan menerima perbedan yang ada. Terlepas dari itu kerukunan hidup beragama merupakan salah satu tujuan pembangunan di bidang agama. Pokok permasalahan pada penelitian ini adalah 1) Bagaimana bentuk toleransi beragama di pondok pesantren Soko Tunggal, 2) Bagaimana peran pondok pesantren Soko Tunggal dalam membangun toleransi antar umat beragama.
Dalam proses penelitiannya penulis menggunakan Field Research yang terdiri dari data primer yaitu sumber utama penelitian ini adalah pengasuh pondok pesantren Soko Tunggal, pengurus dan santri.. Sebagai data pendukung yaitu buku-buku yang berkaitan dengan masalah tersebut. Metode dalam pengumpulan data pada penelitian ini dengan menggunakan metode: 1) Observasi, 2) Wawancara, 3) Dokumentasi. Sedangkan metode analisis data yang digunakan metode kualitatif dan deskriptif.
Dari hasil penelitian dapat diambil kesimpulan bahwa toleransi di pondok pesantren sangat efektif dalam mewujudkan perdamaian agama. Hal ini terbukti bahwa antara umat islam dan agama lain dapat berkumpul bersama dengan damai dan selalu mengedepankan aspek toleransi dalam segala hal. Diharapkan toleransi beragama seperti ini tidak hanya dilingkup kecil pesantren Soko Tunggal saja, akan tetapi juga berbentuk dalam skala nasional, dengan demikian perdamaian antar umat beragama dapat terwujud atau paling tidak konflik antar umat beragama dapat diminimalis, dan bagi para tokoh-tokoh semua agama maupun pemerintah untuk selalu memberikan dakwah, dialog dan penjelasan tentang arti pentingnya kerukunan dan toleransi antar umat beragama.