Fokus disertasi ini adalah mendeskripsikan dinamika konflik dan harmoni sebagai proses bagi umat beragama dalam mendefinisikan agama (dîn), beragama (tadayyun), dan menjaganya (hifzh al-dîn) di tengah kemajemukan. Penelitian ini dikaji secara makro dan mikro. Secara makro, penelitian ini mengungkap potret umum keberagamaan di Indonesia. Adapun secara mikro, obyek yang dikaji adalah konflik dan harmoni umat beragama di desa Dermolo dan Bondo di kabupaten Jepara. Agama lahir dari pengalaman dan keyakinan atas kekuatan supernatural (the sacred). Pada tahap manifestasi dan interpretasi, ia menyatu dengan kehidupan sosial (the profane), menjadi terlembagakan, dan mengikat pemeluknya dengan rasa emotif-keagamaan. Dari sini muncul klaim pembenaran (truth claim) yang mengkontestasikan simbol-simbol keagamaan dan meniscayakan konflik dan harmoni. Di desa Dermolo pluralitas keagamaan terbingkai dalam relasi konfliktual, baik interumat beragama (NU dan Muhammadiyah) maupun antarumat beragama (Islam dan Kristen). Sementara di desa Bondo, yang terjadi justru sebaliknya; umat beragama (Islam dan Kristen) dapat menciptakan harmoni keberagamaan. Dari sini fokus permasalahan disertasi ini adalah; (1) bagaimana dinamika konflik dan harmoni masyarakat dalam merekonstruksi makna agama (dîn); (2) bagaimana pula dinamika konflik dan harmoni masyarakat dalam merekonstruksi cara beragama (tadayyun), dan menjaga agamanya (hifzh al-dîn).
Penelitian ini dilakukan dengan pendekatan kualitatif yang melihat permasalahan secara sistemik dengan perspektif emik. Selain observasi, data di lapangan dilakukan melalui wawancara snawball sampling. Data-data tersebut akan dianalisis melalui tiga tahap; (1) pengumpulan data; (2) focus analysis; (3) deepen analysis. Hasil penelitian ini kemudian dilaporkan dalam bentuk thick description.
Hasil penelitian dalam disertasi ini adalah (1) Agama dikonstruksi oleh masyarakat desa Dermolo dan Bondo sebagai kebenaran alamiah yang melahirkan Kaum Nasionalis dan kebenaran ilmiah yang melahirkan Kaum Santri. Kebenaran alamiah didasarkan pada nilai-nilai warisan (ultimate value) dari danyang yang melekat pada local wisdom. Adapun kebenaran ilmiah didasarkan pada doktrin transformatif dari tokoh masyarakat (cultural hero). Konstruksi makna agama ini mendinamisasi kehidupan keagamaan sehingga melahirkan teks tertulis (written text) dan teks sosial (social text); (2) Dialektika kedua teks tersebut melahirkan sikap umat beragama yang saling menafsirkan gesture keagamaan. Tafsir gesture ini merupakan bagian dari cara beragama (tadayyun) yang disemangati upaya menjaga agamanya (hifzh al-dîn). Di sinilah konflik dan harmoni mendapatkan tempat persemaian. Maka, konflik dan harmoni adalah bentuk dari rasa emotif keagamaan dalam menjaga agama yang dipeluk.