Kurangnya interaksi antara guru dengan siswa dalam proses pembelajaran dapat menyebabkan rendahnya aktivitas belajar siswa. Selain itu, penyampaian materi pelajaran yang tidak disertai dengan media pembelajaran menjadi lebih sulit dipahami oleh siswa, sehingga dapat memberikan pengaruh terhadap hasil belajar siswa. Penelitian untuk mengetahui efektivitas media pembelajaran biopuzzle dalam pembelajaran cooperative learning tipe STAD pada materi pokok sistem pertahanan tubuh terhadap hasil belajar siswa kelas XI MA NU 03 Sunan Katong telah dilaksanakan. Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif eksperimen dengan menggunakan pretest-posttest control group design. Sampel dalam penelitian ini adalah kelas XI IPA 1 (kelas eksperimen) dan kelas XI IPA 2 (kelas kontrol). Teknik pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan metode tes, kuesioner dan dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kelas eksperimen mendapatkan rata-rata nilai hasil belajar lebih tinggi daripada nilai rata-rata hasil belajar kelas kontrol. Kelas eksperimen mendapatkan nilai rata-rata hasil belajar 80,74 dan kelas kontrol 73,23. Uji hipotesis dilakukan dengan menggunakan uji t-test yang diperoleh hasil thitung=3,5450 dan ttabel=1,66940. Nilai thitung > ttabel, maka Ho ditolak dan Ha diterima. Hal tersebut dapat disimpulkan bahwa media pembelajaran biopuzzle dalam pembelajaraan cooperative learning tipe STAD efektif terhadap hasil belajar siswa materi pokok sistem pertahanan tubuh kelas XI MA NU 03 Sunan Katong.