Kurangnya bahan ajar menyebabkan pemahaman peserta didik pada materi biologi khususnya sistem ekskresi manusia termasuk dalam kategori kurang. Sehingga peneliti mengembangkan bahan ajar mandiri yang berupa modul pembelajaran biologi terintegrasi problem based learning dilengkapi dengan tes diagnostik multiple choice two tier pada materi sistem ekskresi manusia untuk siswa kelas VIII SMP N 1 Boja. Jenis penelitian research and development (R&D) mengacu pada model pengembangan Sugiyono yang telah dimodifikasi oleh peneliti. Tahapan model pengembangan meliputi: (1) Potensi dan Masalah, (2) Pengumpulan Data, (3) Desain Produk, (4) Validasi Desain, (5) Revisi Desain, (6) Ujicoba Produk, (7) Revisi Produk dan (8) Ujicoba Pemakaian. Uji kelayakan validasi modul dinilai oleh dosen ahli dan guru IPA biologi. Hasil penilaian kelayakan modul diperoleh kriteria sangat layak, dengan presentase ahli materi 96%, ahli media 83%, ahli instrumen 89% dan guru IPA biologi 97%. Apabila dirata-rata maka hasilnya 91,25%. Kelayakan modul juga dapat dinilai dari hasil tanggapan siswa kelas kecil didapatkan hasil 93,33%. Sedangkan untuk kelas besar, uji kelayakan modul dengan cara perbandingan hasil pre-test dan post-test. Didapatkan peningkatan hasil perbandingan untuk pre-test 68%, sedangkan untuk hasil post-test menjadi 88%. Sehingga dapat dikatakan bahwa modul yang dikembangkan sangat layak dan bisa digunakan. Pre-test dan post-test juga dapat digunakan untuk mengetahui tingkat miskonsepsi siswa. Untuk hasil tingkat miskonsepsi pre-test siswa memperoleh pemahaman 72%, miskonsepsi 4%, menebak 2% dan tidak paham 22%. Sedangkan untuk hasil miskonsepsi post-test, siswa mengalami peningkatan pemahaman menjadi 91%, penurunan miskonsepsi menjadi 3%, penurunan menebak menjadi 1% dan penurunan ketidak pahaman menjadi 5%.