Dalam konteks lembaga wakaf,membangun dan mengembangkan Good Governance diperlukan kerjasama antara lembaga dan seluruh elemen pengelola wakaf (pihak dari luar). Karena selama ini lembaga wakaf terkesan memiliki otoritas tunggal, dalam arti tidak ada pihak luar lembaga yang dilibatkan dalam pengelolaan wakaf.Kedua faktor yang bisa diterapkan dalam lembaga wakaf yaitu, transparansi dan akuntabilitas. Dengan adanya pengelolaan wakaf secara profesional, transparansi, dan akuntabel, maka hak wakif atas informasi yang benar, jelas dan jujur mengenai kondisi harta yang telah diwakafkan akan dapat terpenuhi. Salah satu lembaga yang kegiatannya mengelola, dan mengembangkan aset wakaf adalah Yayasan Badan Pengelola Masjid Agung Semarang. Pengelola wakaf Masjid Agung Semarang mempunyai tugas untuk meningkatkan pengumpulan dan penggalangan dana wakaf secara maksimal.
Tujuan penelitian ini memfokuskan pada dua bentuk pengetahuan, yaitu: pengetahuan penerapan transparansi dalam laporan keuangan yang dikelola Yayasan Badan Pengelola Masjid Agung Semarang dan mengetahui penerapan akuntabilitas dalam pengelolaan wakaf yang ada di Yayasan Badan Pengelola Masjid Agung Semarang. Penelitian ini menggunakan metode penelitian deskriptif yaitu penelitian untuk membuat deskripsi mengenai situasi permasalahan yang didasari pada data-data. Data primer yang diperoleh secara langsung melalui wawancara, yaitu dengan sekretaris Yayasan Badan Pengelola Masjid Agung Semarang Sedangkan data sekunder penelitian ini diperoleh melalui hasil data kepustakaan yang berkaitan dengan penelitian ini.
Hasil dari penelitian ini adalah transparansi dan akuntabilitas pengelolaan wakaf di Yayasan Badan Pengelola Masjid Agung Semarang sebagian besar telah menerapkan prinsip transparansi pada laporan keuangan dan akuntabilitas pada pengelolaan wakaf. Walaupun tidak melakukan publikasi secara keseluruhan mengenai laporan keuangannya dan belum memenuhi standar akuntansi wakaf dengan baik tetapi, pengelola wakaf tunai setiap setahun sekali mengumumkan hasil laporannya kepada masyarakat dan pewakif yang sesuai dalam prinsip transparansi. Sedangkan prinsip akuntabilitas sebagaian besar telah diterapkan oleh pengelola wakaf yang ada di Yayasan Badan Pengelola Masjid Agung Semarang, seperti terwujudnya beberapa tujuan dari pengelolaan wakaf, adanya pengawasan dari pihak pengawas yayasan yang berkerja sama dengan pihak Kementrian Agama Pusat. Walaupun, hal ini belum dilakukan secara maksimal oleh Yayasan Badan Pengelola Masjid Agung Semarang dalam mengelola wakaf yang sesuai dengan aturan-aturan yang ada.