Skripsi ini dilatarbelakangi oleh realitas pendidikan pada masa sekarang. Penurunan kualitas pendidikan yang kurang menaruh perhatian terhadap pendidikan afektif peserta didik yang mengakibatkan merosotnya moralitas generasi muda, beberapa tindakan yang tidak sesuai dengan nilai dan norma sudah menjadi hal yang biasa, seperti korupsi, kenakalan antar remaja, menyontek, absen saat jam sekolah dan lain sebagainya. Maka dari itu perlu adanya integrasi nilai-nilai pendidikan karakter pada anak, terutama pada proses pembelajaran pendidikan agama Islam yang notabene mempunyai tujuan untuk membentuk akhlaqul karimah.
Penelitian ini dimaksudkan untuk menjawab permasalahan: 1) Bagaimana implementasi pendidikan karakter berbasis pesantren dalam pembelajaran PAI. 2) Apa saja faktor pendukung maupun penghambat dalam pelaksanaan pendidikan karakter dalam pembelajaran pendidikan agama Islam.
Permasalahan dibahas melalui studi lapangan, sebagai sumber data ialah kepala sekolah, waka kurikulum, guru PAI dan peserta didik di SMP Al Musyaffa’ Kendal untuk mendapatkan potret pelaksanaan pendidikan karakter berbasis pesantren dalam pembelajaran PAI. Data diperoleh dengan wawancara mendalam, observasi, dan dokumentasi. Analisis data dalam penelitian ini berupa teknis analisis deskriptif, yaitu metode analisis data yang berupa kata/kalimat, dan gambar.
Hasil penelitian ini adalah: 1) Implementasi pendidikan karakter dalam pembelajaran pendidikan agama Islam pada sekolah yang berbasis pesantren di SMP Al Musyaffa’ dilakukan dengan tahap perencanaan, pelaksanaan dan pengevaluasian. Perencanaan dengan membuat silabus dan RPP dengan mensisipi nilai-nilai karakter disetiap materi pembelajaran. Pelaksanaannya dengan mengintegrasikan nilai karakter kedalam semua materi PAI. Kemudian diadakan pengevaluasian untuk menilai karakter anak. 2) Faktor pendukung dalam pelaksanaan pendidikan karakter dalam pembelajaran PAI lebih pada ketauladanan gurunya yang disiplin atau loyal pada peraturan sehingga anak meniru apa yang dilihatnya serta didukung adanya SIA (sistem informasi akademik). Faktor penghambatnya lebih pada siswanya yang kurang kesadarannya dalam pelaksanaan pendidikan karakter karena kepribadian peserta didik yang berbeda. Dan minimnya sarpras atau ruang pembelajaran yang masih terbuat dari anyaman bambu (gedeg).