Kebijakan kurikulum 2013, menghilangkan aspek Afektif yang meliputi religius dan sosial pada semua mata pelajaran, terkecuali Pendidikan Agama dan Pendidikan Kewarganegaraan, hal ini menjadikan dasar penelitian dengan pengembangan bahan ajar berupa Bahan Ajar berbasis nilai spiritual Islam, dengan tujuan tidak terpisahnya aspek afektif berupa religius dengan materi sehinga moral peserta didik tetap terjaga dengan baik. Model pembelajaran kooperatif digunakan dengan tujuan agar pembelajaran tidak membosankan dan sesuai kebutuhan peserta didik yang lebih tertarik dengan pembelajaran yang menyenangkan. Pemilihan materi sel sebagai materi yang digunakan sebagai penelitian didukung dari hasil observasi yang menunjukan rata-rata peserta didik memperoleh nilai 70 dibawah KKM yang seharusnya 72. Metode penelitian yang digunakan adalah metode Research and Development (R&D) dengan model 4D (Define, Design, Develop dan Disseminate) namun dimodifikasi menjadi 3D, dibatasi sampai tahap Develop dan tahap Disseminate tidak dilakukan karena keterbatasan waktu penelitian. Uji coba pengembangan produk dengan dilakukan validasi produk oleh ahli materi, ahli media dan praktisi, dan uji coba terbatas diakukan pada satu kelas penuh, menggunakan sampel jenuh, karena jumlah populasi peserta didik dalam satu kelas kurang dari 30 peserta didik. Berdasarkan hasil uji coba pengembangan untuk mengukur kelayakan Bahan Ajar berbasisi nilai spiritual islam dengan model pembelajaran kooperatif pada materi sel, persentasi
kelayakan bahan ajar oleh ahli meteri pertama sebesar
99,20%, oleh ahli materi kedua sebesar 93.60%, oleh ahli media sebesar 67,37% oleh guru biologi sebagai ahli materi sebesar 79,20%, dan guru biologi sebagai ahli media sebesar
85,26% yang berarti Bahan Ajar ini termasuk dalam kategori sangat layak dari aspek materi dan media, kemudian hasil uji
coba terbatas dikelas XI IPA MA Uswatun Hasanah Semarang,
rata-rata tanggapan peserta didik sebesar 84% yang menunjukan bahwa bahan ajar bologi tersebut sangat layak digunakan sebagai bahan ajar pada materi sel.