Penelitian dan pengembangan ini dilatarbelakangi dengan rendahnya pemahaman konsep peserta didik pada materi kimia yang sebagian besar bersifat abstrak yang sulit dieksperimenkan dan sulit diajarkan oleh guru serta kurangnya media pembelajaran yang digunakan. Peneliti mewujudkan media pembelajaran tersebut menggunakan aplikasi Adobe Flash. Tujuan pada penelitian ini untuk menghasilkan media pembelajaran interaktif pada struktur atom berbasis multiple level representation (MLR). Penelitian ini menggunakan metode pengembangan Research and Development (R n D), yaitu model ADDIE yang meliputi tahap Analyze, Design, Develop, Implement, dan Evaluate. Model ADDIE dipilih karena lebih sistematis. Karakteristik produk yaitu halaman utama, petunjuk, kompetensi dasar, tujuan pembelajaran, materi, simulasi dan evaluasi. Hasil uji kualitas media pembelajaran yang diperoleh dari penilaian validator ahli materi dengan kategori Baik (B) pada persentase 77,5% dan validator ahli media dengan kategori Sangat Baik (SB) pada persentase 88,5% serta penilaian guru kimia dengan kategori Sangat Baik (SB) pada persentase 90%. Sedangkan hasil tanggapan peserta didik terhadap kualitas media pembelajaran dengan kategori Baik (B) pada persentase 71,28%. Hasil pretest post test menunjukkan peningkatan hasil belajar dengan nilai N-gain sebesar 0,62 dengan kategori sedang. Dari hasil validasi dan tanggapan peserta didik terhadap media pembelajaran ini, diperoleh kesimpulan bahwa media pembelajaran layak digunakan dan diuji lebih lanjut pada kelas besar untuk mengetahui keefektifannya, baik terhadap hasil belajar maupun penguasan konsep.