Kata jihad yang ada dalam Al-Qur’an kebanyakan mengandung pengertian umum. Maksudnya tidak hanya sebatas pada pengertian peperangan saja, tetapi mencakup segala bentuk kegiatan dan usaha yang maksimal dalam rangka dakwah Islam, amar ma'ruf nahi munkar atau perintah untuk berbuat kebaikan dan larangan untuk perbuatan keji. Namun makna jihad yang sangat luas tersebut sering dipahami secara dangkal, sehingga melibatkan pengambilan kesimpulan yang keliru. Jihad merupakan bagian intergral didalam wacana Islam sejak masa awal muslim hingga kontemporer. Pembicaraan tentang jihad dan konsep-konsep yang dikemukakan sedikit atau banyak mengalami pergeseran dan perubahan makna, sesuai dengan konteks dan lingkungan masing-masing pemikir. Untuk meluruskannya diperlukan kajian kembali ayat-ayat jihad dalam Al-Qur’an secara terperinci dan mendalam.

Berawal dari kesadaran untuk berjuang dan bertekad menegakkan Syari’ah Islam serta meninggikan kalimat Allah SWT, Majelis Mujahidin Indonesia berpegang pada Tathbiqus Syari’ah (Tegaknya Syari’ah Islam) secara kaffah dalam kehidupan umat Islam, pengertian dari Tathbiqus Syari’ah ialah menegakkan dan melaksanakan hukum Allah SWT yang merupakan kebutuhan pokok bagi umat manusia yang mau sadar, sebagai kewajiban yang paling mendasar dan merupakan modal yang paling penting didalam menyelamatkan diri, baik selamat didunia maupun diakhirat.

Syari’at Islam merupakan pedoman hidup manusia yang sudah paten, dan tidak dapat ditawar-tawar lagi. Majelis Mujahidin Indonesia menganggap syari’at Islam sebagai satu-satunya aturan hidup yang bisa membawa kebaikan untuk individu maupun masyarakat. Majelis Mujahidin Indonesia berkeyakinan, sebuah negara akan mengalami musibah manakala syari’at Islam sebagai sebuah sistem yang sempurna tidak lagi diterapkan.

Adapun jihad fi sabilillah menurut Majelis Mujahidin Indonesia adalah berjuang dengan semangat tinggi dan kesediaan untuk mengorbankan harta dan jiwa guna menghadapi segala bentuk tantangan fisik dalam rangka melindungi dakwah dan mengawal tegaknya Syari’ah Islam. Syari’ah Islam disini adalah segala aturan hidup serta tuntunan yang diajarkan oleh agama Islam yang bersumber dari Al-Qur’an dan sunnah Nabi Muhammad SAW.

Oleh karenanya, diilhami semangat cita mendzahirkan Syari’ah Ilahi dan dilatari oleh kesadaran akan pentingnya menyelaraskan derap langkah perjuangan dalam rangka menuntaskan persoalan krisis dan krusial keumatan maupun kemanusiaan, maka Majelis Mujahidin Indonesia dengan ketetapan hati yang tulus selaku insan pendamba terpancang kokohnya kebenaran dan keadilan, serta untuk menjunjung tinggi amanah dan kepentingan yang sama yaitu tegaknya Syari’ah Islam, demi mewujudkan negeri dengan predikat aman, damai dan diridhai Allah SWT (baldatun, thayyibatun wa rubbun Ghafur).