Bagi waria beribadah menjadi suatu realitas yang dikotomi. Seringkali waria dihadapkan dengan praktek bebas (pelacuran), minum-minuman sampai obat-obatan terlarang. Tapi di sisi lain waria juga mempunyai kesadaran untuk hidup secara religius. Karena pada hakikatnya, waria adalah manusia, dan manusia merupakan makhluk religius yang memiliki hak untuk mendekatkan diri kepada Tuhan YME, tetapi keinginan tersebut terbentur dengan lingkungan sekitarnya yang belum bisa menerima mereka. Rumusan masalah dakam penelitian ini adalah. 1) Bagaimana pelaksanaan bimbingan agama di pondok pesantren waria Senin-Kamis Yogyakarta dalam kaitan dengan pembinaan kaum waria? 2) Faktor apa saja yang mempengaruhi para waria mengikuti bimbingan agama Islam?, dan 3) Bagaimana tanggapan santri waria terhadap pelaksanaan bimbingan agama Islam di pondok pesantren waria Senin-Kamis Yogyakarta?
Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan pendekatan diskriptif naratif. Metode yang digunakan dalam penelitian adalam metode obserfasi dan metode interview. Penelitian ini terdiri dari dua sumber data yaitu sumber data primer dan sumber data sekunder. Sumber data primer yaitu pelaku bimbingan dan santri peserta bimbingan di pondok pesantren waria Senin-Kamis Yogyakarta. Sumber data sekunder adalah literatur yang menunjang data primer dalam menganalisis data, yakni data yang diperoleh melalui satu atau lebih dari pihak yang bukan peneliti sendiri.
Temuan dalam penelitian ini menunjukan bahwa pelaksanaan bimbingan agama Islam bagi santri waria di pondok pesantren waria Senin-Kamis Yogyakarta dilaksanakan secara rutin setiap hari minggu yang dilakukan secara berkelompok, dengan empat pembimbing yang bergatian dalam melaksanakan bimbingan. Metode yang digunakan dalam pelaksanaan bimbingan menggunakan metode caramah dan diskusi. Materi yang digunakan seputar keimanan, keibadahan, akhlak dan lain sebagainya. Faktor yang mempengaruhi bimbingan agama Islam para waria untuk mengikuti bimbingan agama Islam ini terdiri dari dua faktor yaitu faktor internal dan faktor eksternal. Faktor internal yang mempengaruhi waria untuk mengikuti bimbingan agama Islam di antaranya adalah kebutuhan santri waria akan agama, kebutuhan memperoleh pendampingan, keinginan untuk mendapatkan ketenangan batin, dan lain sebagainya. Sedangkan faktor eksternal yang mempengaruhi santri untuk mengikuti kegiatan bimbingan agama Islam di pondok pesantren waria Senin-Kamis Yogyakarta di antaranya adalah kemampuan pesantren mengelola kegiatan, kemampuan pendekana yang dilakukan oleh ustadz, dukungan masyarakat sekitar, dan lain sebagainya. Tanggapan santri waria terhadap pelaksanaan bimbingan agama Islam di pondok pesantren waria Senin-Kamis Yogyakarta di antaranya adalah mereka bisa menerima setiap metode dan materi yang disampaikan oleh pembimbing dengan baik, para santri waria menjadi tertarik untuk terus belajar dan memperdalam pengetahuan agama Islam yang ada di pondok pesantren waria Senin-Kamis Yogyakarta. Menurut para santri mengenai bimbingan agama Islam ini sangatlah bermanfaat bagi kehidupan sosial dan kehidupan beragama mereka.