Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat miskonsepsi yang terjadi pada siswa kelas X MA Silahul Ulum menggunakan metode Certainty of Response Index (CRI) pada materi teori atom. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif. Populasi yang digunakan dalam penelitian ini adalah seluruh siswa kelas X MA Silahul Ulum. Sampel yang digunakan dalam penelitian adalah 49 siswa dari kelas X MIPA 1 dan X MIPA 2, pengambilan sampel dilakukan dengan teknik cluster random sampling. Teknik pengumpulan data yang digunakan adalah wawancara dan tes. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat miskonsepsi siswa yang terjadi pada materi teori atom cukup tinggi yaitu sebesar 76%. Selain kategori miskonsepsi, siswa juga dikelompokkan dalam kategori memahami konsep (18%), memahami konsep akan tetapi kurang yakin (1%), dan tidak tahu konsep (5%). Adapun faktor yang menyebabkan terjadinya miskonsepsi meliputi kemampuan siswa, metode pembelajaran, dan bahan ajar.