Manajemen yang baik yaitu manajemen yang dapat memanfaatkan dan mengorganisasikan sumber daya dalam mencapai hasil dan tujuan yang baik. Dalam aktivitas pembiayaan pendidikan berkaitan langsung dengan perolehan dana (pendapatan) yang diterima dan bagaimana penggunaan dana tersebut digunakan untuk penggunaan yang baik. Pembiayaan sebagai salah satu dimensi yang menempati posisi yang sangat pentig dalam pendidikan karena pembiayaan merupakan jantung dari pergerakan praktek pendidikan mengenai relevansi akademis, atmosfer akademis, serta peningkatan di dalam inovasi pendidikan. Di pondok pessantren Al-Mawaddah Kudus salah satu pondok pesantren yang menjalankan manajemen pembiayaan yang pendanaan pendidikannya diperoleh dari usaha mandiri. Dalam pelaksanaan manajemen pembiayaan pendidikan pondok pesantren dilakukan oleh bendahara dan pengasuh. Sumber dana pendidikan diperoleh dari syariah santri atau SPP, pemerintah, masyarakat yang sifatnya tidak mengikat, usaha mandiri. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa pondok pesantren Al Mawaddah Kudus menerapkan pada kegiatan 1) budgeting atau anggaran 2) Acounting atau Pembukuan, 3) auditing atau pemeriksaan. Pembiayaan merupakan potensi yang sangat menentukan dalam kualitas disuatu lembaga pendidikan.