Banyak konsep-konsep ilmiah yang dipelajari pada pembelajaran biologi menjadi salah satu faktor adanya miskonsepsi. Materi sel menjadi salah satu materi yang kompleks sehingga memerlukan pemahaman lebih dalam. Oleh karena itu, guru berperan dalam mengidentifikasi terjadinya miskonsepsi pada peserta didik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kategori miskonsepsi dan faktor penyebab miskonsepsi yang terdapat di kelas XI jurusan IPA kitab kuning, tahfidz, dan reguler. Jenis penelitian yang digunakan yaitu deskriptif kualitatif. Penelitian ini terdapat 76 peserta didik sebagai subjek dengan menggunakan teknik sampling purposive sampling. Instrumen penelitian menggunakan wawancara, tes diagnostik four-tier CRI, dan dokumen. Teknik analisis data menggunakan interpretasi hasil tes diagnostik four-tier serta analisis hasil wawancara. Hasil penelitian ini meliputi: 1) Miskonsepsi pada kelas XI jurusan IPA konsentrasi kitab kuning, tahfidz, dan reguler materi sel terdapat miskonsepsi dengan tingkat sedang. Ketiga jurusan yang banyak terdapat miskonsepsi pada jurusan IPA tahfidz. Rata-rata miskonsepsi pada semua jurusan tertinggi pada sub materi transpor membran. Karena peserta didik sering tertukar dalam menjelaskan konsep antara jenis molekul yang berpindah dan dalam menentukan daerah konsentrasi molekul yang berpindah. 2) Terdapat beberapa faktor yang menyebabkan miskonsepsi antara lain: peserta didik, guru, metode belajar, kesalahan konteks mengajar, dan buku teks. Miskonsepsi pada peserta didik terjadi karena kurang memperhatikan dan tidak minat dengan pembelajaran biologi serta lebih memilih untuk mengejar target hafalan Al-qur’an dan memperdalam materi kitab kuning.