Program linear merupakan materi yang sering mengalami miskonsepsi. Miskonsepsi merupakan kesalahpahaman dalam menghubungkan konsep, yaitu keterkaitan antara konsep baru dengan konsep yang sudah ada pada diri siswa. Miskonsepsi sangat berbahaya bagi siswa, dampak yang dihasilkan dari miskonsepsi adalah dapat menurunkan hasil belajar siswa. Sehingga perlu dilakukan identifikasi miskonsepsi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan miskonsepsi siswa yang teridentifikasi dengan four tier Certainty of Response Index (FT-CRI) ditinjau dari perbedaan gender materi program linear. Jenis penelitian ini menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif. Subjek penelitian ini sebanyak 29 siswa dan dipilih 4 siswa sebagai objek penelitian dengan teknik purposive sampling. Instrumen yang digunakan berupa tes four tier test yang disertai dengan Certainty of Response Index (CRI) dan wawancara. Teknik analisis data menggunakan interpretasi four tier Certainty of Response Index (FT-CRI). Hasil analisis data diketahui bahwa rata-rata persentase yang mengalami miskonsepsi sebesar 45%, paham konsep sebesar 33%, dan tidak paham konsep sebesar 22%. Hasil analisis data berdasarkan gender ditemukan siswa perempuan mengalami miskonsepsi yang lebih tinggi sebesar 5% dari laki-laki. Penyebab miskonsepsi yaitu pemikiran intuisi yang salah, reasoning siswa yang tidak lengkap atau salah dan kemampuan siswa.