Syzygium merupakan genus yang sangat beragam dalam famili Myrtaceae yang terdiri dari sekitar 1.200-1.800 spesies. Di Kebun Raya Bogor terdapat dua spesies Syzygium asal Papua yang belum teridentifikasi jenisnya. Identifikasi spesies koleksi di KRB penting dilakukan, mengingat fungsinya sebagai lembaga konservasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dua jenis Syzygium asal Papua koleksi Kebun Raya Bogor hingga tingkat spesies dengan pendekatan molekuler dan pendekatan morfologi. Penelitian ini dilakukan dari bulan Januari hingga Desember 2024. Tahapan penelitian terdiri dari pengambilan sampel, isolasi DNA, amplifikasi, elektroforesis, karakterisasi morfologi, pengambilan gambar herbarium kering Syzygium asal Papua koleksi BO, dan analisis data. Analisis data molekuler dilakukan dengan menganalisis profil sekuen matK dan ITS serta pembuatan pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) dengan Tamura 3-parameter (matK) dan Tamura-Nei + Gamma (ITS). Analisis data morfologi dilakukan dengan merekonstruksi fenogram dan analisis PCA dengan software PAST 4.06. Hasil pohon filogenetik matK menunjukkan Syzygium sp. (V.B.153) termasuk genus Syzygium dan berkerabat dekat dengan S. pachycladum dengan nilai bootstrap 91. Pohon filogenetik region ITS menempatkan Syzygium sp. (V.B.153) dalam subgenus Syzygium. Pohon filogenetik matK dan ITS menunjukkan Syzygium sp. (V.C.122) termasuk genus Decaspermum. Karakterisasi morfologi menunjukkan kemiripan karakter antara Syzygium (V.B.153) dengan S. pachycladum terutama dengan adanya tunas pada ujung daun. Syzygium sp. (V.C.122) memiliki kemiripan morfologi dengan D. humile, D. gracilentum dan D. fruticosum.