Eksitensi pondok pesantren dalam konstalasi pembangunan bangsa dihadapkan kepada tantangan dan harapan yang makin menuntut kesiapan dan kesanggupan para pemimpin (kyai), sebagai pengelola pondok pesantren untuk mampu dan tanggap terhadap perubahan serta kebutuhan masyarakat yang semakin kompleks.
Pembangunan dan peningkatan kualitas SDM yang memiliki kepribadian muslim yang seutuhnya, hendaknya dilakukan secara stimulan dan terpadu dalam lingkungan pesantren melalui kepemimpinan kyai, sebab kyai merupakan kunci sentral yang memiliki pengaruh yang sangat kuat dalam pembentukan kualitas pribadi muslim yang seutuhnya.
Dalam konteks sosial kemasyarakatan di Indonesia, khususnya di wilayah Jawa. Budaya pengajian tidak bisa terlepas dari salah satu kegiatan yang ada di pondok pesantren bukan hal yang asing. Budaya atau tradisi ini hidup subur di desa, bahkan di dusun ataupun di kampung. Lebih spesifik ia hidup elegan dan simpatik di masjid-masjid, musholla atau di langgar (Jawa).
Memang, tak bisa dinaifkan budaya pengajian terkait erat dengan religiusitas (keberagaman) Islam karena disebabkan muatan pengajian yang agamis, mengupas persoalan sosial melalui pendekatan agama atau mengupas persoalan keamanan, politik, ekonomi, pendidikan, budaya dan sebagainya dengan poendekatan agama.
Pondok pesantren pada dasarnya merupakan suatu lembaga pendidikan yang mendalami dan mengkaji berbagai ajaran dan ilmu pengetahuan agama Islam, namun permasalahan yang dihadapi sangat rumit dan komplek sekali untuk diamati dikarenakan problematikanya sangat luas. Di antara mengenai masalah kepemimpinan yang sifatnya masih tradisionalisme dan figure paternalistik. Di samping itu di dalam melaksanakan mamajemennya yang serba alami dan proses pembelajaran yang bersandar pada kitab yang dipelajari, itupun hanya sebatas kitab-kitab klasik, sedangkan pimpinan di dalam menggerakkan organisasi belum optimal, justru lebih condong otoriter karena memang beliau satu-satunya orang yang mendirikan dan memimpin pondok pesantren secara sendirian.
Tujuan dan kegunaan dalam penelitian ini diharapkan dari informasi yang diperoleh pada penelitian ini dapat dijadikan sebagai kontribusi bagi pondok pesantren yaang lain, untuk menuju perkembangan yang lebih maju dan lebih baik, apalagi dalam menghadapi perkembangan zaman yang penuh dengan berbagai macam tantangan dalam kemajuan zaman yang semakin tidak karuan ini.
Dalam penelitian ini, penulis mengambil sampel pondok pesantren Putra-Putri Al Mustofa-Daruuzakirot Desa Pidodowetan Kecamatan Patebon Kabupaten Kendal Provinsi Jawa Tengah, penulis langsung terjun ke lapangan mengambil informasi sebagai sumber data yang bersifat kualitatif dari pesantren tersebut untuk di analisis.
Dengan penelian ini setelah dianalisis bahwa peranan kepemimpinan kyai di dalam mengelola pondok pesantren Putra-putri Al Mustofa-Daruuzakirot Pidodowetan Patebon Kendal, sangat menyentuh sendi perjuangan Islam, di samping itu kyai sebagai pemimpin dan pelindung masyarakat, baik pelindung di dunia maupun di akhirat, sehingga masyarakat lebih memilih berlindung kepada kyai, karena menjamin kehidupan yang tenteram. Adapun keberhasilan di dalam kegiatan belajar dan mengajar kyai mampu mencetak kader yang jujur, mempunyai amanah yang tinggi, kritis terhadap dedensi moral, mau dan mampu dalam mensiarkan Islam, mempunyai jiwa yang tabah, sebagai keteladanan, mempunyai rasa ikhlas, jiwa yang pemaaf, dan apabila melakukan hal-hal yang tidak baik takut pada Allah SWT dan malu terhadap masyarakat serta membimbing pada santri tentang berbagai macam keterampilan hidup bagi santri apabila nanti sudah selesai belajar di pondok pesantren.
Dalam rangka untuk lebih dapat meningkatkan kualitas santri di pondok pesantren tersebut di atas, perlu ditangani yang serius. Diantaranya pemahaman terhadap manajemen. Mengoptimalkan peran organisasi, menerapkaan kurikulum, yang sesuai dngan perkembangan zaman, sehingga nantinya akan terwujud kader Islam yang tangguh, berwawasan luas, mampu menghadapi tantangan zaman yang sedemikian hebatnya.