Dalam penelitian ini, peneliti memaparkan 3 permasalahan antara lain: Bagaimana Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI di SMA N 2 Purbalingga, bagaimana Motivasi Belajar Siswa dalam Pembelajaran PAI di SMA N 2 Purbalingga dan adakah Hubungan antara Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI terhadap Motivasi Belajar Siswa dalam Pembelajaran PAI di SMA N 2 Purbalingga.
Penelitian ini bertujuan untuk mengungkapkan ada tidaknya hubungan antara Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI mempunyai hubungan terhadap motivasi belajar siswa dalam mata pelajaran Pendidikan Agama Islam di SMA N 2 Purbalingga Tahun Pelajaran 2015/2016.
Adapun metode penelitian ini memerlukan beberapa hal yaitu desain penelitian dengan menggunakan pendekatan kuantitatif, variabel dalam skripsi ini ada 2 yaitu Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI dan Motivasi belajar siswa mata pelajaran Pendidikan Agama Islam, populasi penelitian ini adalah siswa kelas XI SMA N 2 Purbalingga yang beragama Islam sebanyak 306 siswa. Pengambilan sampel mengacu pada pendapat Suharsimi Arikunto yaitu mengambil 25% dari populasi yang ada yaitu 77 siswa. Peneliti menggunakan metode pengumpulan data berupa angket. Analisis instrumen meliputi analisis validitas dan reliabilitas. Hasil analisis reliabilitas menunjukkan koefisien reliabilitas sebesar 0,8768 dan 0,8120 > rtabel (0,3388), dengan demikian dinyatakan reliabel. Kemudian mengolah data yang telah di dapat dengan menggunakan rumus product moment sehingga dapat diketahui hasil dari penelitian ini.
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI sebagai variabel (X) dalam kategori cukup dengan ditunjukkan oleh nilai rata-rata sebesar 85,94 dan standar deviasi sebesar 10,319. Sementara Motivasi belajar siswa pada mata pelajaran PAI di SMA N 2 termasuk dalam kategori cukup dengan ditunjukkan oleh nilai rata-rata sebesar 75,19 dan standar deviasi sebesar 5,732, hal ini masuk dalam kategori cukup.
Untuk mengetahui ada tidaknya hubungan antara Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI terhadap motivasi belajar siswa dalam pembelajaran Pendidikan Agama Islam SMA N 2 Purbalingga tahun pelajaran 2015/2016, peneliti menggunakan uji korelasi product moment. Dari perhitungan uji korelasi product moment, diperoleh indeks korelasi sebesar r_xy= 0,458. Setelah diperoleh indeks korelasi, kemudian dikonsultasikan dengan r_tabel pada taraf signifikansi 5% dan 1 % dengan df sebesar 75 dengan asumsi, jika r_xy> r_tabel berarti signifikan artinya Ha diterima dan Ho ditilak. Karena r_xy (0,458)> r_tabel (0,2242) dan (0,2919) pada taraf signifikan 5% dan 1%, berarti signifikan artinya Ha diterima. Jika di interpretasikan pada tabel skala penafsiran koefisien korelasi, maka tingkat hubungan antara Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI terhadap Motivasi Belajar Siswa dalam Pembelajaran Pendidikan Agama Islam di SMA N 2 Purbalingga Tahun Pelajaran 2015/2016 adalah cukup. Adapun perhitungan Koefisien Determinan bahwa variabel X (Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI) memberi kontribusi atau sumbangan 21% terhadap variabel Y (Motivasi Belajar Siswa).
Dari hasil yang diperoleh dari perhitungan uji signifikansi korelasi antara variabel x dan y, maka diperoleh thitung sebesar 4.4616, karena thitung > ttabel (1.992) dan (2.643) maka dapat bersifat signifikan, baik taraf signifikan 5% ataupun 1%. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa terdapat hubungan yang signifikan antara Persepsi Siswa tentang Kompetensi Pedagogik Guru PAI terhadap Motivasi Belajar Siswa dalam Pembelajaran Pendidikan Agama Islam di SMA N 2 Purbalingga Tahun Pelajaran 2015/2016.