Pesantren perlu mempraktikkan pendidikan anti-radikalisme, menolak setiap metode pembelajaran yang bersifat doktrinal, monolog dan dipenuhi muatan formalitas dan cenderung menolak realitas yang plural. Dengan mempertimbangkan realitas masyarakat Indonesia yang multikultural, maka pesantren perlu direalisasikan pesantren yang bersifat multikultural untuk mengakomodasi kekayaan budaya bangsa. Menumbuhkan pemahaman santri dan masyarakat terhadap nilai-nilai pluralitas yang terkandung dalam Pancasila sebagai dasar negara. Sekaligus membawa hubungan antar manusia dan antar agama untuk tetap harmonis tanpa ada konfrontasi dan hal-hal yang memunculkan radikalisme dan ekslusivisme.