Mata pelajaran Fisika saat ini seakan berdiri sendiri tanpa dikaitkan dengan pengetahuan agama, menjadikan rendahnya minat siswa terhadap mata pelajaran fisika. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas penggunaan modul fisika berbasis integrasi sains dan Islam terhadap hasil belajar kognitif siswa dan untuk mengetahui perbedaan hasil belajar kognitif siswa pada kelas eksperimen dengan kelas kontrol siswa MA Hidayatus Syubban kelas X materi gelombang elektromagnetik.Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif, metode eksperimen dan rancangan penelitian Pretest-Posttest Control Group Design. Teknik pengambilan sampel menggunakan teknik sampling jenuh. Variabel penelitian meliputi variabel bebas yaitu modul fisika berbasis integrasi sains dan Islam materi gelombang elektromagnetik dan variabel terikat yaitu hasil belajar kognitif siswa. Teknik pengumpulan data dilakukan dengan metode tes, metode dokumentasi dan wawancara. Data hasil pretest digunakan untuk menguji normalitas dan homogenitas, sedangkan data posttest digunakan untuk menguji hipotesis penelitian. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan modul fisika berbasis integrasi sains dan Islam materi gelombang elektromagnetik efektif digunakan terhadap hasil belajar kognitif siswa kelas X MA Hidayatus Syubban dengan thitung = 11,87 > ttabel = 2,05, maka Ha diterima, dengan peningkatan hasil belajar sebesar 58%. Dan terdapat perbedaan hasil belajar siswa kelas kontrol dan kelas eksperimen dengan thitung = 2,49 > ttabel = 1,67 maka Ha diterima.