Pembelajaran matematika harus dilakukan secara bertahap, mulai dari pemahaman ide dan konsep yang sederhana sampai ke tahap yang kompleks yang mana dibutuhkan suatu faktor kecerdasan, yang meliputi kecerdasan emosional dan kecerdasan spiritual. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui adanya pengaruh kecerdasan emosional dan kecerdasan spiritual terhadap kemampuan pemahaman konsep matematika siswa dalam materi sistem persamaan linear tiga variabel kelas X. Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode survey. Pengumpulan data dilakukan melalui angket dan tes. Sampel diambil dengan teknik simple random sampling, maka diperoleh 154 responden terpilih. Berdasarkan hasil penelitian dapat diketahui bahwa: (1) terdapat pengaruh secara signifikan kecerdasan emosional terhadap kemampuan pemahaman konsep matematika siswa pada materi sistem persamaan linear tiga variabel kelas X; (2) terdapat pengaruh secara signifikan kecerdasan spiritual terhadap kemampuan pemahaman konsep matematika siswa pada materi sistem persamaan linear tiga variabel kelas X; (3) terdapat pengaruh kecerdasan emosional dan kecerdasan spiritual bersama-sama secara signifikan terhadap kemampuan pemahaman konsep matematika siswa pada materi sistem persamaan linear tiga variabel kelas X.